[Article mis à jour le 17/04/2023]
Lorsque nous évoquons le Crédit Impôt Recherche avec des entrepreneurs, la question revient très souvent : une déclaration de CIR engendre-t-elle forcément un contrôle par l’administration fiscale ?
Le Crédit Impôt Recherche est un dispositif très fortement contrôlé, surtout depuis que les PME ont la possibilité de le récupérer en cash. Voici les questions que les dirigeants nous posent le plus sur cet épineux sujet !
Les contrôles fiscaux liés au CIR sont-ils fréquents ?
L’immense majorité des déclarations font l’objet d’un contrôle. Pour autant, il ne faut pas confondre ces contrôles avec un contrôle fiscal, qui adresserait toute votre comptabilité ! C’est un processus parfaitement normal, qui n’est en rien problématique si la déclaration a été réalisée dans les règles de l’art.
Il est devenu nécessaire de contrôler la quasi-totalité des CIR des entreprises françaises afin d’éviter les abus qui étaient relativement fréquents par le passé.
Pour les entreprises comme pour les cabinets, ce changement entraine des nouvelles méthodes de travail. Alors que les dossiers techniques justificatifs n’étaient réalisés qu’en cas de contrôle, ils sont aujourd’hui systématiquement produits en même temps que le chiffrage. Cela permet notamment d’augmenter significativement la sécurité fiscale des entreprises.
Dans quel délai peut avoir lieu un contrôle de CIR ?
Le contrôle a généralement lieu très rapidement, avant le versement des fonds (en cas de versement en cash). Cependant, il faut avoir en tête qu’il peut survenir jusqu’à la prescription fiscale (soit dans les trois ans + l’année en cours).
En clair : un CIR déclaré en avril 2018 peut faire l’objet d’un contrôle jusqu’au 31/12/2021. Passé ce délai, il sera prescrit et ne pourra plus être remis en question !
L’administration fiscale s’est dotée d’outils juridiques et opérationnels spécifiques pour contrôler de manière ciblée le CIR. Pour autant cela ne déclenche pas automatiquement de contrôle fiscal sur les entreprises.
Le processus de contrôle est alors plus rapide, plus léger pour l’administration comme pour l’entreprise. La validation et donc le paiement, pourra se faire dans un délai raisonnable.
Qui effectue les contrôles ?
Il y a 2 organismes qui se chargent de contrôler le Crédit Impôt Recherche :
- Le Pôle Expertise– rattaché à votre centre des impôts (SIE).
- Le Ministère de la Recherche et de l’Enseignement Supérieur (MESR).
Dans la majorité des cas, quand les montants sont faibles (inférieurs à 50k€), le Pôle Expertise contrôlera le dossier afin de valider tout ou en partie votre crédit d’impôt.
Si votre dossier est plus complexe, et/ou que les enjeux financiers sont importants, votre SIE pourra demander une expertise du MESR. Un expert scientifique sera alors désigné et aura la charge d’évaluer l’éligibilité des travaux qui ont fait l’objet de votre déclaration.
En général, il n’y a pas de différence entre ces deux organismes : une expertise aboutit dans les deux cas sur une validation, ou sur une remise en question (totale ou partielle) de votre CIR.
Cependant, une validation d’un dossier par le SIE est moins poussée qu’une expertise du MESR. Elle sera donc généralement plus rapide, et donnera lieu à moins d’approfondissement scientifique.
Il y a une néanmoins une différence dans le cas d’un contrôle fiscal:
- Une expertise du MESR ne pourra pas être remise en question par votre Inspecteur.
Dans le cas d’un contrôle du Pôle Expertise, l’Inspecteur des Finances Publiques pourra saisir le MESR pour expertiser à nouveau le dossier. Nous n’observons ce cas que très rarement, mais il reste juridiquement possible.
Aujourd’hui, nous constatons que l’immense majorité des CIR sont contrôlés par les Pôles Expertises, directement rattachés aux SIE. Ce processus permet un meilleur contrôle, évite de mettre dans la boucle un expert du Ministère de la Recherche, et surtout, ne signifie plus pour l’entreprise un lourd et coûteux contrôle fiscal.
Combien de temps prend un contrôle ?
Malheureusement personne ne peut donner de réponse précise, tant les délais de l’administration sont variables !
En moyenne, nous observons chez FinovUP :
- Un délai de 2 à 4 mois pour un contrôle du Pôle Expertise.
- Un délai de 4 à 6 mois pour une expertise du MESR.
Des relances régulières, après l’envoi des éléments de vos éléments techniques du SIE peuvent grandement accélérer le processus, et raccourcir significativement le délai de traitement.
Quelles sont les étapes du contrôle de CIR/CII ?
-
1) L’administration vous informe
Le contrôle fiscal surprise n’existe pas ! Et ce, bien que le mythe du contrôleur fiscal faisant son entrée à l’improviste dans les locaux d’entreprises se soit répandue dans l’écosystème des dirigeants comme une trainée de poudre. L’administration informe toujours en amont. Vous allez recevoir un premier courrier ayant pour but de vous notifier qu’une procédure de contrôle de votre CIR ou de votre CII a été déclenché.
- 2) L’apport des pièces justificatives
Lorsque votre CIR ou votre CII est contrôlé par votre SIE, ce dernier va systématiquement vous demander de lui fournir des documents justificatifs pouvant prouver votre éligibilité au dispositif.
Il s’agit notamment des pièces permettant de justifier le chiffrage de vos dépenses éligibles (fiches de paies, facture de sous-traitants agréés CIR ou CII etc. Généralement, le dossier technique portant sur la nature des travaux sur lesquels vous avez basé votre déclaration.
Vous disposez de 30 jours pour fournir ces éléments au service de contrôle. Un vérificateur désigné se chargera ensuite de les analyser. Son rôle sera alors de valider ou d’invalider votre éligibilité au CIR / CII.
- 3) Si le vérificateur ne valide pas votre éligibilité : la demande d’information complémentaire et/ou proposition de rectification
Au cours de la procédure le vérificateur peut vous demander de compléter les éléments justificatifs.
Lorsque tout ou partie de votre crédit d’impôt n’est pas validé par l’administration fiscale, un rapport expliquant la décision du vérificateur vous est transmis. Il a notamment vocation à mettre en avant chacun des éléments qui ont motivé la décision du vérificateur.
A ce stade, plusieurs options s’offrent à vous : accepter la décision ou enclencher le dialogue avec le SIE pour amener le contrôleur à revoir son jugement. Vous disposez également de 30 jours pour soumettre vos observations.
Que se passe-t-il en cas de redressement du CIR ?
Votre CIR peut être redressé partiellement ou dans sa totalité. Ceci pourrait mettre votre entreprise dans une situation très difficile lorsque le redressement du CIR est appliqué également sur les années précédentes.
En effet, dans le cas où l’administration fiscale ne valide pas votre éligibilité au Crédit d’Impôt Recherche, vous serez contraint de rembourser rapidement tout ou partie sommes perçues. Des intérêts de retard peuvent également être à régler.
Par ailleurs, un redressement du CIR peut également causer la perte du statut de Jeune Entreprise Innovante. Cela engendrerait le remboursement des charges sociales exonérées. Cela est dû à la diminution du pourcentage de dépenses de R&D comptabilisé dans le CIR.
Des remboursements sur plusieurs mois sont possibles mais ne règleront probablement pas l’impact sur votre trésorerie et sur l’avenir de votre entreprise.
Nos conseils
La déclaration de Crédit Impôt Recherche doit être effectuée avec précaution en suivant certaines recommandations :
- Le chiffrage de vos dépenses éligibles pour le CIR doit être réaliste et basés sur une situation concrète. L’assiette de dépenses est un éléments clé qui sera épluchée méticuleusement par le contrôleur.
- A noter que si votre déclaration de crédit d’impôt porte sur une demande rétroactive, l’expertise avant versement des fonds sera alors systématique.
- Un solide dossier technique doit être rédigé pour chaque année de déclaration. Celui-ci constituera un puissant justificatif en cas de contrôle. En effet, il vous permettra de mettre en avant la pertinence de votre pourcentage de dépense de R&D.
- Préparer les justificatifs en amont pour ne pas perdre de temps. Fiches de paie, CVs, dépenses de fonctionnement … Autant d’éléments que l’administration peut être en mesure de vous demander. Les avoir au préalable vous permettra de sécuriser vos arrières.
Cette étape de préparation peut s’avérer chronophage pour certains entrepreneurs. Se faire accompagner peut notamment permettre aux dirigeants de rester concentrés sur leur activité tout en ayant un back-up solide pour la sécurisation de leur CIR.
